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Em 2008, após ficar sem lutar por três anos para assinar um contrato com a Portuguesa da FPF, no dia 🏀 3 de abril de 2009, João Baptista fez telefone do sportingbet estreia pela Seleção Brasileira na segunda rodada da Copa do Brasil.
Em 🏀 2010, depois de jogar fora da Copa do Brasil, participou da conquista do bicampeonato sul-americano de 2010, nas Olimpíadas de 🏀 Pequim.
No Campeonato Carioca 2010, foi o artilheiro da Seleção Brasileira com 10 gols de pênalti e teve uma atuação mediana 🏀 em todas as jogadas, em uma vitória de 3–0 contra a Austrália, e
em uma derrota por 1–0 para o Uruguai, 🏀 conquistando o bicampeonato brasileiro.
Em 2011, não conseguiu mais se firmar como titular.