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O clube não conseguiu conquistar a primeira divisão do certame baiano e foi rebaixado em 1998 pelo rubro-negro baiano.
Ao final 🍇 da temporada, a equipe estava apenas uma temporada fora da elite do futebol baiano, perdendo a Copa do Brasil para 🍇 a seleção do Distrito Federal.
Em 2003 as propostas de profissionalização das equipes de futebol de Ilhéus para a cidade de 🍇 Ilhéus foram rejeitadas pelo Comitê Organizador Local e o clube foi promovido à segunda divisão do futebol profissional da Bahia.
Mas, 🍇 em setembro de 2007, após um
período de trabalho junto a Federação Bahiana de Futebol, o "Águia Clube", juntamente com outros 🍇 clubes das equipes do ASE e do IABB - que haviam pertencido ao "Águia Clube" desde o primeiro ano da 🍇 existência - finalmente entrou com uma petição de dez mil assinaturas ao governo estadual e clubes do estado para se 🍇 tornarem a primeira equipe da Bahia a conseguir um clube oficial de futebol.